1、研究论文，主要是收集数据，通过一定的方法进行假设的检验，展示结果，讨论。这也是研究论文最常见的格式。研究论文最核心的内容，就是原创性和新的知识。
2、方法和技术论文，这种论文一般介绍新的软件或者新的方法、新的工作流程或数据标准，如Darwin Core数据交换标准，植物标本图像采集的流程和具体要求等。
3、数据论文，一般介绍数据以及数据采集和生成的过程，或者标准化的过程，并提供初步的统计图表等。
4、综述论文，综述是对某一个领域的研究现状进行总结、评述和展望的论文。综述性论文，为了详细介绍研究进展等，往往从学科的历史、现状、问题、展望等多方面进行论述，因此参考文献也较一般的研究论文多得多。
5、观点述评论文，一般是学者对某一研究进展，或者现象表达个人观点的论文，在一定程度上接近综述，但由于篇幅所限，很难展示某一领域的全貌。观点述评一类的论文，要用数据支撑自己的观点，做到有理有据。
