1、手术切除
2、穿刺疗法
3、西医疗法
4、中医食疗
手术切除：采取手术方法，切除囊肿壁的肾外部分并引流。这种治疗方法被证实疗效颇佳。但是这个治疗方法适用于，保守治疗后无效果的患者，而且需要根据患者自身的情况，来决定是否能采取手术治疗。它的优点是治疗彻底，但损伤大，恢复慢且费用较高。
穿刺疗法：对于4cm大小的肾囊肿患者，可实行穿针刺疗法，从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，暂时性减轻疼痛。这么做虽然避免了开刀之苦，但穿刺后病情易反复发作，对患者造成了极大的损害。而且腰部会遗留较长的手术疤痕，囊肿在手术半年后还会继续增大。肾穿刺优点是治疗简单，不用太痛苦且费用较低，任何部位的囊肿除肾盂旁囊肿外，都可治疗，缺点就是易复发。
西医疗法：西医治疗方法见效快优势突出，但具有一定的副作用伤害，一般不建议患者，长期使用西医治疗方法。
中医食疗：中医食疗大多注重扶正固本，理气活血，标本兼顾。中医食疗方法大多见效比较慢，但是效果稳定，副作用少，不宜复发。现在治疗肾囊肿多以该方法为主。比如吃点药用真菌“瑞芝堂蛹虫草”，其性温和而无毒、无火，能改善肝、肾、肺等脏器的细胞动力学状态和总体代谢，有利于体内有毒废物或其它药物残毒的排除。
