损伤：粪便干结可使肛门皮肤撕裂，腹泻时排粪频繁使肛管敏感紧缩，正常稠度粪便也可致损伤，肛管慢性炎症，纤维组织增生，形成肛门梳硬结，妨碍括约肌松弛，使肛管容易受损伤破裂。导致直肠异物、扩肛方法不当、肛门手术、分娩、先天性肛门狭窄、直肠结肠炎、结核等也可导致肛裂。
感染：急性和慢性肛窦炎、肛乳头炎、内痔和息肉等是引起感染的主要病因。感染的致病菌经腺口进入肛腺，肛管皮下组织内生成脓肿，破溃后形成溃疡。小型浅部血栓因感染发生血栓静脉炎，也可致肛裂发生。
解剖：肛门外括约肌由尾骨向前到肛管后方，便秘、大便干结是肛裂形成的直接病因。分为二部分，沿肛管两侧向前围绕肛管，肛管前方此二部连合，肛管前方和后方留有间隙。肛提肌的大部分附着肛管两侧，前部和后部较少，肛管后部和前部不如两侧坚固，容易损伤，肛管向下向后成肛管直肠角，肛管后部受粪便压力较大。肛管后正中线血供给缺乏，弹性较小，均是造成肛裂的病因。
